Около года назад генетические последовательности более чем 200 образцов вируса, взятых от ранних случаев COVID-19 в Ухани исчезли из научной онлайн-базы данных, напоминает The New York Times. Теперь же исследователь из Сиэтла сообщает, что он восстановил 13 из этих исходных последовательностей, просматривая файлы, хранящиеся в облаке Google, сообщает газета. Как отмечает издание, эта «интригующая» новая информация важна для определения того, когда и как вирус мог перейти от летучей мыши или другого животного к людям.
Опубликованное во вторник исследование подтверждает ранее высказанные предположения о том, что различные коронавирусы, возможно, циркулировали в Ухани до первых вспышек заболевания в декабре 2019 года, которые связывали с рынками по продаже животных и морепродуктов. Хотя исследование не подтверждает и не опровергает гипотезу о том, что вирус «сбежал» из известной уханьской лаборатории, оно заставляет задаться вопросом о том, почему были удалены исходные последовательности, и предположить, что в дальних уголках интернета могут найтись и другие открытия, пишет газета.
Автор нового доклада вирусолог из Центра изучения рака Фреда Хатчинсона Джесс Блюм назвал удаление этих последовательностей подозрительным. «Кажется вероятным, что последовательности были удалены, чтобы скрыть их существование», — написал он в статье, которая ещё не была рецензирована или опубликована в научном журнале.
Как напоминает издание, Блюм принадлежит к группе учёных, открыто призвавших к проведению дополнительного расследования начала пандемии. В письме, опубликованном в мае, они жаловались на недостаток информации, который позволил бы определить, какая из версий происхождения вируса более вероятна: версия об утечке из лаборатории или о том, что он перешёл к людям от контакта с инфицированным животным за пределами лаборатории.
Генетические последовательности вирусных образцов содержат важные подсказки о том, как SARS-CoV-2 перешёл к нашему виду от другого животного, скорее всего, летучей мыши, поясняет NYT. Наиболее ценными из всех являются последовательности, полученные в начале пандемии, поскольку они приближают учёных к источнику первого заражения.
Когда Блюм просматривал генетические данные, опубликованные различными исследовательскими группами, он наткнулся на исследование, проведённое в марте 2020 года, рассказывает газета. В нём была электронная таблица, включавшая информацию о 241 генетической последовательности, собранной учёными Уханьского университета. В таблице указывалось, что учёные загрузили последовательности в онлайн-базу данных Национальной медицинской библиотеки правительства США. Но когда Блюм стал искать последовательности из Ухани в базе данных, единственным результатом поиска было сообщение: «элемент не найден».
Вернувшись к таблице в поисках дальнейших подсказок, он выяснил, что 241 последовательность была отобрана учёным по имени Айси Фу в больнице Жэньминь в Ухани. В конце концов Блюм нашёл ещё одно исследование, опубликованное в интернете в марте 2020 года доктором Фу и его коллегами, в котором описывался новый экспериментальный тест на SARS-CoV-2. Китайские учёные опубликовали его в научном журнале три месяца спустя. В этом исследовании учёные написали, что они изучили 45 образцов мазков из носа, взятых «у амбулаторных пациентов с подозрением на COVID-19 в начале эпидемии» и искали часть генетического материала SARS-CoV-2 в мазках. Хотя исследователи не обнародовали фактические последовательности генов, а лишь некоторые мутации в вирусах, ряд подсказок указал Блюму, что именно эти образцы были источником 241 недостающей последовательности.
Изучив архив, Блюм выяснил, что многие последовательности хранились в виде файлов в облаке Google и все имена файлов имели один и тот же базовый формат. Учёный загрузил код недостающей последовательности из Ухани и внезапно смог её обнаружить, пишет NYT. Таким образом он сумел восстановить из облака 13 последовательностей. Позже Блюм объединил 13 последовательностей с другими опубликованными последовательностями ранних коронавирусов, надеясь продвинуться вперёд в построении генеалогического древа SARS-CoV-2.
Блюм обнаружил, что удалённые последовательности, которые он восстановил из облака, лишены дополнительных мутаций, характерных для более поздних образцов. «Они на три ступени более сходны с коронавирусами летучих мышей, с вирусами с рыбного рынка Хуанань», — заявил учёный.
Это говорит о том, что когда SARS-CoV-2 появился на рынке, он уже некоторое время циркулировал в Ухани или за его пределами. Исследователь утверждает, что рыночные вирусы не представляют всего разнообразия коронавирусов, появившихся в конце 2019 года. В своём докладе доктор Блюм подчеркнул, что этот вывод должен быть подтверждён более глубоким анализом последовательностей вируса.
Как отмечает газета, непонятно, почему эта ценная информация вообще пропала. По словам издания, учёные могут сделать запрос на удаление файлов, отправив электронное письмо менеджерам архива чтения последовательностей. Национальная медицинская библиотека, которая управляет архивом, сообщила, что 13 последовательностей были удалены прошлым летом.
По словам пресс-секретаря организации, расследователь, имя которого не называется, сообщил менеджерам архива, что последовательности обновляются и будут добавлены в другую базу данных. Однако Блюм просмотрел все известные ему базы данных и до сих пор не нашёл их. «Конечно, я не могу исключить, что последовательности находятся где-то в какой-то другой базе данных или на веб-странице, но я не смог найти их ни в одном из очевидных мест, в которых искал», — сказал он.
Тем не менее некоторые учёные скептически относятся к тому, что за удалением последовательностей кроется злой умысел, пишет газета. Вирусолог из Университета Юты Стивен Гольдштейн отметил: хотя полных последовательностей больше нет в архиве, ключевая информация о них была опубликована более года назад. «Мы все пропустили эту относительно малоизвестную статью», — заметил он.
Независимо от того, что произошло с этими 13 последовательностями, доктор Блюм теперь задаётся вопросом, какие ещё подсказки могут быть обнаружены в интернете. Чтобы восстановить происхождение COVID-19, все они потенциально важны, отмечает NYT.
«В идеале нам нужно попытаться найти как можно больше других ранних последовательностей, — сказал он. — И я думаю, что это исследование предполагает, что мы должны искать везде».