57-летний специалист также возглавлял московский «Спартак» и «Краснодар».
В прошедшем сезоне подмосковная команда набрала 22 очка и заняла 11-е место в группе А Второй лиги.
Ранее бывший президент «Спартака» Андрей Червиченко назвал Кононова средним тренером после его отставки из «Арсенала».